Původní kostel stál na návrší v obci od konce 17. století. Mařenice počátkem 18. století patřily pod Zákupské panství, jež patřilo bohaté a zbožná toskánské velkovévodkyni Anně Marii Františce. Kolem roku 1700 svým nákladem nechala kostel zcela přestavět podle plánů Octaviána Broggia. Tehdy získal obě věže. V druhé půli 19. století byl kostel upraven do pseudobarokní stávající podoby. Za budovou kostela je oblouk zdiva s obrazy křížové cesty z roku 1807.
Po roce 1945 začal kostel chátrat. V roce 1961 měl být zbourán, jeho zařízení bylo zcela zničeno, Až po roce 1989 došlo k jeho postupné opravě.

Do kostela byly přesunuty varhany z roku 1884 od varhanáře Antona Fellera z Libouche. Varhany sloužily svému účelu až do roku 1987 v kostele svatého Michaela v Libkovicích.

Kostel byl postaven v roce 1699 a v letech 1714-1720 upraven podle plánů Octaviana Broggia (2.1. 1670-24.7. 1742) na náklady majitelky panství Anny Marie Františky Toskánské. Znovu byl novobarokně upravován v letech 1864-1865. V roce 1961 bylo rozhodnuto o jeho demolici, veškeré vnitřní zařízení bylo zničeno a kostel od té doby chátral. Snad jen nedostatek peněz socialistického Československa umožnil, že demolice nebyla provedena.
Poslední mše se v kostele sloužila roku 1961.
V červnu 1989 se skupina nadšenců pod vedením Marcela Hrubého z Rybniště a za podpory moravských farností pustila do úplné obnovy ruiny chrámu, která byla tehdejšími úřady určena k demolici. Úsilí brigádníků bylo korunováno znovu vysvěcením kostela dne 27. července 1991 biskupem litoměřickým ThDr. Josefem Kouklem. V roce 1996 byla v ambitech kostela vytvořena nová sgrafita - zastavení křížové cesty panem Františkem Střížem z Mistřína na Moravském Slovácku. V letech 1996-1997 byl v kostele zcela zrenovován interiér v moderním duchu, zvláště pozoruhodný je presbytář nově řešený arch. Jitkou Švédovou z Bludova u Šumperka.